1940年9月，德、意、日三国成立同盟。山本五十六被任命为日本联合舰队总司令，并不得不“违背自己的意愿”，接受命令对美、英、荷等国开战。1941后12月8日零时，山本五十六亲自下达了“1280”密码命令，并亲自率领部队偷袭美国珍珠港，从而对美军太平洋舰队造成重创，大胜而归。随后山本五十六建议与美国讲和，但意见未被采纳。在指挥中途岛战役时，由于战略上的重大失误，日本海军遭受惨重损失。形势陡然逆转，美军攻势如虹，日军兵败如山倒。瓜达康纳岛上有三万多名日本陆军，他们遭到了美军飞机的昼夜轰炸，陷于绝境。山本五十六派出舰队炮击美军基地，协助尚存的陆军安全撤退。1943年4月18日，山本五十六为了鼓动前线部队的士气，乘坐一架轰炸机到前线视察。没想到日军的密码被美军窃取，美军派出空军机队将山本五十六的座机击落，一代军人山本五十六就此碎尸于太平洋上空。
《联合舰队司令长官：山本五十六》一片以独特视角切入二战历史，通过刻画山本五十六的个人命运沉浮，展现了日本在战争期间的复杂心态与战略困境。影片并未单纯将山本塑造为传统意义上的军国主义符号，而是试图挖掘其作为军事决策者的内心矛盾——他既秉持武士道精神，又清醒意识到日本与美军力差距悬殊，这种挣扎贯穿全片，令角色更具人性厚度。
演员对山本的诠释尤为亮眼。无论是策划珍珠港事件时的果决，还是中途岛战败后的凝重，均通过细微的表情变化传递出沉重压力。值得注意的是，影片并未回避历史争议。例如，山本坚持在袭击前向美国递交宣战通牒的细节，既凸显其恪守军人原则的一面，也暗示了日本高层决策的混乱。
叙事结构上，导演采用线性推进与闪回交织的手法，从山本就任联合舰队司令长官切入，逐步回溯其反对三国同盟、主张对美避战的立场，再延伸至太平洋战争关键战役。这种安排虽强化了宿命感，但部分段落因试图兼顾宏观战争场面与微观人物刻画而略显松散，例如瓜岛战役的篇幅处理稍显仓促。
主题表达方面，影片借山本之口多次探讨“战争必要性”与“国家理性”的悖论。当民众高呼“banzai”冲向战场时，镜头却聚焦于士兵家属的沉默泪水；当联合舰队惨败消息传来，画面切换至东京街头凋敝的经济景象——这些对比暗含对军国主义狂热的批判。不过，由于立场局限，影片未能深入反思侵略战争对亚洲邻国的伤害，反而过多强调日本“被时代裹挟”的悲情色彩，这在一定程度上削弱了主题深度。
总体而言，这部作品凭借扎实的史料考据与视听技术，成功还原了太平洋战争的关键节点，但其价值取向仍带有鲜明的本土视角印记。对于观众而言，它既是了解日本战后历史观演变的切片，也是重新审视战争复杂性的契机——毕竟，真正的反战不应止于描绘失败者的哀歌，更需直面加害者的责任。