故事背景为“灵祸”频发、阴阳师活跃于世的现代，16岁高中生土御门春虎（石川界人 配音）生于阴阳师世家土御门，虽为名门子嗣，他运气极差，且毫无天赋，自认为不适合成为阴阳师，和好友冬儿（木村良平 配音）无所事事度过每一天。他的青梅竹马土御门夏目（花泽香菜 配音）则是土御门下一代当家，她天赋异禀，认真负责，有着极高的担当继承人守护家族的觉悟。时值暑假，夏目自东京归来。不久，“十二神将”之一、被称为“神童”的大连寺铃鹿引发了“泰山府君祭”事件。在混乱战斗中，春虎失去了亲友北斗，痛定思痛的他决定成为夏目的式神，重返阴阳师之路。
《东京暗鸦》作为一部围绕阴阳师与咒术世界展开的动漫，初看时或许会因密集的专有名词和复杂的世界观设定感到门槛颇高，但一旦沉浸其中，便会被其独特的叙事魅力深深吸引。故事以现代东京为背景，将古老的阴阳道与当代都市元素巧妙融合，通过土御门夏目、春虎等角色的成长轨迹，勾勒出一个充满神秘与危险的咒术世界。
主角夏目的塑造堪称一大亮点。她身为阴阳师名门之后，却以男性身份示人，这种性别伪装不仅是家族“传统”的要求，更成为她自我认同的重要部分。在阴阳塾中，她既要应对同学们对土御门家的冷淡态度，又要隐藏自己的真实性别，内心的挣扎与外在的坚韧形成强烈反差。而春虎作为她的青梅竹马，看似大大咧咧实则重情重义的性格，与夏目的细腻敏感形成互补。两人之间的互动既有青春的懵懂，又暗藏着跨越轮回的羁绊，尤其是当夏目以坚定的眼神鼓励春虎时，那种无需言语的信任感令人动容。
叙事结构上，作品采用了双线并行的方式：一条是现实中阴阳塾的日常学习与任务，另一条则穿插着回忆与预言中的过去片段。这种时空交错的手法起初可能让人感到混乱，但随着剧情推进，前世的宿缘与今生的抉择逐渐交织，形成了一张紧密相连的叙事网。例如，剧中多次出现的“鸦羽之梦”既是夏目前世的记忆碎片，也是推动当前冲突的关键线索，这种伏笔的埋设让整个故事充满了探索的乐趣。
主题表达方面，《东京暗鸦》跳出了传统战斗番的框架，深入探讨了“传承”与“自我”的矛盾。夏目背负着家族使命，却在成长过程中不断质疑“家规”的合理性；春虎虽出身平凡，却凭借勇气打破了“式神必须服从主人”的固有观念。此外，作品还借配角如空轮玄等展现了不同阶层阴阳师的生存困境，揭示了咒术界光鲜背后的腐败与权力斗争。